این فیلم که در سال‌های رو به زوال شوگونات توکوگاوا روایت می‌شود، جزئیات دلاوری‌های بحث‌برانگیز سه رونین را دنبال می‌کند که به عنوان «شکارچیان سایه» فعالیت می‌کنند. این سه نفر اراذل و اوباش معمولی نیستند که به دنبال نوشخواری و دعوا باشند؛ بلکه سامورایی‌های سابق هستند که به جای انجام سپوکو پس از نابودی اربابانشان، مهارت شمشیرزنی خود را وقف متوقف کردن دولت از غارت منابع ارزشمند دایمیوها کرده‌اند.

آکمی رهبر خالکوبی‌شده با طرح اژدهای خاندان یاکوزای تاچیبانا است. در دوئل با یک باند رقیب، آکمی چشمان حریف را می‌شکافد و گربه سیاهی ظاهر می‌شود تا خون جاری از زخم عمیق را بلیسد. این گربه به همراه قربانی نابیناشده، برای انتقام به تعقیب باند آکمی می‌پردازند و ردی از جسد دختران یاکوزا به جا می‌گذارند که پوست خالکوبی‌شده اژدهایشان از بدنشان کنده شده است.

گورو در دنیای یاکوزا بزرگ شده است. او به عنوان یکی از اعضای فعال سندیکای جنایی خانواده میزوهارا، وفاداری خود را با قرار گرفتن در صف اول هر جنگی نشان می‌داد و خشونت هرگز او را آزار نمی‌داد. با این حال، پس از محکوم شدن به سه سال زندان به دلیل چاقو زدن به آدم‌کش یک باند رقیب، او از سبک زندگی یاکوزا بیزار می‌شود. گورو مصمم است زندگی جدیدی را آغاز کند، اما کارما گریبانش را می‌گیرد. دو تن از نزدیک‌ترین دوستانش توسط رئیس سابقش به قتل می‌رسند و او تنها با دو گزینه روبرو می‌شود: بکشد یا کشته شود.

یک گروه تحقیقاتی در اقیانوس آرام جنوبی در جزیره‌ای استوایی فرود می‌آیند که بومیان آن خدای مرموزی به نام گاپا را می‌پرستند. زمین‌لرزه‌ای یک غار زیرزمینی را باز می‌کند و یک بچه خزنده در داخل آن کشف می‌شود. بومیان به غریبه‌ها هشدار می‌دهند که به این موجود تازه متولد شده دست نزنند، اما آن‌ها گوش نمی‌دهند و آن را به باغ‌وحشی در ژاپن می‌برند. کمی بعد، مامان و بابای گاپا برای پیدا کردن فرزند ربوده‌شده خود شروع به درهم کوبیدن توکیو می‌کنند.

همسر صیغه‌ای و نادیده‌گرفته‌شده یک کتابدار ژاپنی، بارها توسط مرد جوانی که بیماری قلبی دارد و او را با وعده زندگی بهتر وسوسه می‌کند، مورد آزار و اذیت قرار می‌گیرد.

وقتی یک زن جوان به عنوان متهم اصلی یک پرونده قتل معرفی می‌شود، دوست صمیمی‌اش و نامزد او تلاش می‌کنند تا بی‌گناهی‌اش را ثابت کنند. تحقیقات آن‌ها را به خانه‌ای متروک و ترسناک در ناکجاآباد می‌کشاند، جایی که اتفاقات شومی در جریان است.